EACで作ったCUEシートをfoobarで読み込むとエラーが出た件についてですが
CUEシートの解釈が異なっているようですねぇ、めんどくさい・・・
ちゃんとした仕様書が検索してもなかなか出てこないもんだから嫌な予感はしていましたが。
 参考:
 Cue Sheet 基礎知識
  http://pipico.hp.infoseek.co.jp/etc/cdr/cuesheet.html
 CUEシートが違う!
  http://homepage2.nifty.com/yss/cue.htm
 今回の件はまさにこのURLにある例の通りでして、EACのCueシートはBlindreadのようになっていました。
 ただしなっているのは一部だけ・・・なぜこんなことに。
 MediaMonkeyは修正前後も特に変わらずに再生してくれましたが、foobar2000は若干そのあたりが厳格なようですね。
 
とりあえず適当に手作業で削除することで問題なく認識されるようです。
あとXrecodeIIだとmp3にタグが上手く入っていないようですがfoobar2000だとちゃんと入ります。
最終的にはSuperTagEditor改 Plugin Version (Nightmare) でチェックした後に転送、ということにしてみます。
 
ともかく、解決策が見つかったのでfoobar2000を使うべき、という結論になるでしょうか。
検索用エラーメッセージ
 Error parsing cuesheet: invalid index list